引发淋病的病原体是“淋病奈瑟氏菌”，即俗称的淋球菌。这种病菌拥有自我调节能力，能够通过变异获得抗药性，或者至少使药物的疗效下降，并且它正在对越来越多种类的抗生素发展出这种免疫力，先是青霉素对它失效，再是四环素，环丙沙星，而现在到了头孢克肟。

        奈瑟从35例急性尿道炎、阴道炎及新生儿急性结膜炎病人的分泌物中，分离出淋病双球菌。1885年，Bumm在人、牛或羊的凝固血清培养基上培养淋球菌获得成功，将菌种接种于健康人的尿道内也可产生同样的症状。至此，淋球菌是淋病的病原体的结论始告成立。

        革兰染色阴性，圆形或卵圆形，直径约为0.8μm。常呈双排列，菌体相接触面略凹陷，形似一对咖啡豆。急性淋病患者标本涂片镜下观察时，淋病奈瑟菌多存在于中性粒细胞内，慢性淋病时则多在细胞外。淋病奈瑟菌无鞭毛，但有菌毛，不形成芽胞，分离初期有荚膜。

       邻近面扁平或稍凹，像两瓣黄豆对在一起，大小0.6μm×0.8μm。革兰氏染色阴性，呈粉红色，美蓝染色呈蓝色。急性炎症期细菌多在患者分泌物的少部分中性粒细胞的胞浆中，慢性期则多在细胞外，且有些可呈单个球形或四联状。人工培养后形态亦常呈球形、单个、成双或四联排列。

       编辑菌体结构淋球菌的致病主要与菌体外面的结构有密切关系。淋球菌外面结构为外膜，外膜的主要成分为膜蛋白、脂多糖和菌毛。膜蛋白可使淋球菌黏附于人体黏膜上，通过细胞吞噬作用进人细胞，在细胞内大量繁殖，导致细胞崩解，淋球菌扩散到黏膜下层引起感染。菌毛易黏附于子宫腔和口腔上皮细胞表面，有致病力及传染性。